En está temporada Yugi y El Faraón se conocen tienen su primera aventura; ya que el Abuelo es atrapado en un video por Maximilium Pegasus, Creador de las Cartas. Realiza un torneo en la que participan varios duelistas incluyendo a: Bakura, Yugi, Joey, Rex, Wibor y May.
Yugi en realidad pelea solo por salvar a su Abuelo y le gana a Pegasus hasta a Joey. En está temporada también conoce a uno de sus enemigos del Faraón que es Bakura. Sale ganador de este torneo.Se juegan los primeros juegos del Oscuro.Aparecen los artículos milenarios, el ojo (Pegasus), el anillo (Bakura) y Rompecabezas (Yugi) milenarios.
2-Ciudad de las Batallas (Batle City)
Está temporada aparece un nuevo enemigo que es Marik Ishitar y además vuelve a aparecer Bakura. Aparecen los Dioses Egipcios. Marik trata de vengarse del Faraón porque su vida fue díficil ya que tuvo la Iniciación como Guardián de la Tumba del Faraón, el posee el Báculo del Milenio y pudo controlar a Tea y Joey para que se enfrenten con el Faraón. Faraón obtiene a Slifer el Dragón del Cielo(un dios egipcio). Mientras Marik poseía el Dragón Alado de Ra. Kaiba obtiene a Obelisco, gracias que Ishizu se lo da. Aparecen Serenity, hermana de Joey, Ishizu, la hermana de Marik, y Duke. Faraón tiene que soportar grandes impactos ya que May pierde su Alma en Reino de las Sombras ya que perdio contra Marik y Grandes batallas con Marik, Bakura y su mejor amigo que es Joey. Ishizu posee el Collar Milenario.
3- El Mundo Virtual De Noah( Noah´s Virtual World Duel Tower, Shadown Real)
En está corta temporada aparece el Hermanastro de Kaiba que es Noah y que quiere encerrar a todos en su mundo virtual y vengarse de Kaiba ya que dice que se apoderó del lugar que le perteneciá como presidente de la Corporación y para lograrlo están los Cinco Grandes que pelearan para apoderarse de un cuerpo y lograr salir de ese mundo. Todos pelean. Kaiba, Mokuba, Yugi, Joey, Tristán, Tea, Duke y Serenity, todos ellos quedaron atrapados en ese mundo. Gosaburo también es el malo ya que quiere destruir a todos y al mundo. Pero todos salen a salvo, excepto Noah y Gosaburo.
4-Fin de la Ciudad de Las Batallas
Termina la gran batalla y hay cuatro grandes duelos: Marik vs. Joey , Kaiba vs. Faraón, Faraón vs. Kaiba y Kaiba vs. Joey. En Primer lugar queda Faraón y se queda con las tres Cartas más poderosas del juego que son los Dioses Egipcios. Marik deja a su lado Oscuro. Hay otros Duelos del Oscuro.
5-Waking of the Dragons ( Sello de Oricalcos)
Está temporada es muy emotiva ya que aparece un nuevo enemigo que es Dartz, el Rey de Atlántida, que permaneció en la Tierra más de 10.000 años bajo el poder del Sello de Oricalcos y tratando de cumplir su misión que es juntar almas para despertar al gran Leviathan que se alimenta de la Oscuridad de las Personas. El Sello de Oricalcos libera toda su maldad de una persona ya que busca en su corazón. El Faraón juega bajo este gran poder del mal y libera la oscuridad interna que estaba en su interior mientras estaba en un duelo con Raphael que le obliga a usar el Sello ya que se lo da. Pierde el duelo y a Yugi pero el siente triste por que Yugi sacrificó su alma para que no le lleven el alma a él. El Faraón trata de superarlo y se enfrenta a Wibol. Tiene que tratar de sacar toda la oscuridad antes de pelear con Dartz. Pelea con Dartz con la Ayuda de Kaiba, se enfrenta con el Leviathan. Los enviados de Dartz son Alister, Balom, Raphael y Orión se enfrentan. Joey con Balom y con May ya que quedó bajo el poder del Sello de Oricalcos y se unio a los demás enviados. Faraón se enfrentan con Raphael en dos ocaciones. Kaiba con Alister. Todos que utilizaron el Sello de Oricalcos perdieron excepto May cuando peleo con Joey y perdio Joey su alma. Yugi y el Faraón se enfrentan pero esta vez Yugi utiliza el Sello de Oricalcos y Yugi pierde.Al final Dartz vuelve a ser bueno y se junta con su padre Corazón de Acero y Su hija Cristina y se libera del sello para siempre y se hunden junto a la Atlántida. Aparecen Rebecca y Arthur Hawkinss.Los tres Dragones Legendarios son Timairus, Geerbos y Critias antes fueron caballeros que lucharon en la batalla de la Atlántida pero igual que el Leviathan perdieron y fue un empate. Nuevamente pelearon pero esta vez Joey poseia a Geerbos, Kaiba a Critias y Faraón a Timairus pero al final se fusionaron y formaron al Caballero del Destino y lograron vencer a la Serpiente Divina de Dartz.
6-K-C Gran Championship. ( Gran Torneo Kaiba)
Otra corta temporada, el Gran Torneo Kaiba. Aparece un nuevo enemigo pero de Kaiba que es Zig Fred Loi pero es Zig Fred Von Streder. Quiere Arruinar la compañia de Kaiba ya que dice que le robo su idea de los monstruos Holográficos. Hay muchos duelos. Faraón tiene una admiradora que es Viviam ya que esta enamorada segun ella y Rebecca y Tea se pelean. Faraón pelea la final del Torneo con Leon Wilson pero en realidad es Leon Von Streder ya que es el Hermano de Zig Fred y era el plan de Zig Fred que Leon ganara todo pero al final Leon se siente desepcionado por su hermano ya que le mintio y Zig Fred también se siente así ya que no logró su objetivo.
7-Dawn of Duel ( Recuerdos del Faraón)
En está temporada, el Faraón tiene que hacer un gran viaje que es el de Sus recuerdo por eso tiene que ir a Egipto y también van sus amigos Tea , Tristán y Joey. Luego entra Kaiba.
Bakura nuevamente es malvado por que recupero el anillo milenario. El Faraón es transportado a sus recuerdos junto a sus amigos y tienen que vencer a Zork y Bakura pero son la misma persona.Lo logra vencer y el Faraón descubre su nombre que es Atem y sus recuerdos. Al volver Yugi y Atem tienen que separarse y tienen un duelo final y si Atem pierde se ira al Mundo De Los Espíritus pero si gana se quedara para siempre, pero pierde y se va . Los Artículos son Destruidos. Aparecen nuevos personajes: Miembros de la corte:Majad,Maestro Aknadi y Shimon,Karim,Isis,Seto y Shada.; Shada y Kisara. También los Dioses Egipcios se fusionaron y formaron el Creador de la Luz que vencio a Zork y a las sombras y tinieblas.
8-Capsule Monsters(Monstruos Encapsulados)
8-Capsule Monsters(Monstruos Encapsulados)
En está temporada de 12 cápitulos tienen una nueva aventura tienen que pasar 5 pruebas para desmostrar que pueden ser dignos de tener el poder.Yugi recibe una Armadura de Duelos que le sirve para fucionarse con monstruos y cada uno tiene un Tira-Cápsula que les sirve para invocar a sus monstruos que estan encapsulados. En el juego se les aparece un guerrero llamado Alejandro Magno y les dice sobre lo que tendra que enfrentar al salir que es su lado maligno que se apodero de Alex Brigsbein. Faraón le gana a Alex con una fusión con El Dragón de Ojos Rojos, Dragón del Trueno, Hechizo del Dragón y Irisanriu, El se gana el poder de gobernar el mundo pero lo rechaza.
Lista de Cápitulos de Monstruos Encapsulados
- Fichas del Juego
- Vivir y vencer
- Reunidos al fin
- La Fortaleza del Temor
- El Ojo de la Tormenta
- La Prueba de la Luz y de las Sombras
- La Maldición del Dragón
- La Fruta que evoluciona
- Los Diabólicos Cinco (Primera parte)
- Los Diabólicos Cinco (Segunda parte)
- El Verdadero Rey (Primera parte)
- El Verdadero Rey (Segunda parte)
